منذ سقوط النظام السياسي الجائر والى يومنا هذا نرى ونسمع أن آية الله العظمى السيد علي السيستاني يلعب الدور الأكبر في وضع الأُطر العامة للمراحل المقبلة برؤيتِه الحكيمة والتي تُرضي جميع الأطراف والأطياف ونفهم من توجيهاتِه بأن الواجب الحقيقي لرجل الدين هو تقديم النصيحة والمشورة ومن خارج الدائرة السياسية ودون أن يمارس الهيمنة السياسية المباشرة وهذا ما أشار اليه وأشاد به جمعٌ كبير من الأساتذة والمتابعين والمختصين من كل دول العالم ومنهم جون كول استاذ مادة التاريخ في جامعة مشيغان الأمريكية والمتخصص في الشؤون الشيعية في معرض ذكره للمنحى التقليدي العقلاني الذي ينتهجه السيد السيستاني . لقد أكد سماحته ويؤكد مراراً بإتِّباع مبدأ التعددية سواءاً السياسية أو الدينية أو العرقية ، وأن تمثل الحكومة جميع أطياف الشعب العراقي وأن يكون الشعب هو المرجع للحكومة العراقية . رجل في غرفتِه الصغيرة والبسيطة وبيتِه المتواضع يُسهم إسهاماً كبيراً في التطلع الى التسامح بعد ما خربَّه السابقون ، ويسهم في كبت الكراهية البغيضة وحقن الدماء وتأسيس بنى سياسية وطنية لكن ما يُزعج أن بعضهم يحاول أن يطعن في سماحة المرجع الأعلى وهو يفعل كما كان يفعل أجداده عليهم السلام إذ يدعو لهم بالهداية والسداد في الرأي . طلَبَ سماحته برفع صوره من الأماكن العامة والمؤسسات والدوائر الرسمية لأنها ظاهرة غير حضارية وذلك دعا كل ابناء الشعب سواءا مقلديه أو غيرهم ينبذون هذه الظاهرة خاصة في المناسبات التي طالما سُيست وانحرَف مبتغاها عن مسارها الصحيح قبل هذه القرار الحضاري . ووسط الفوضى وغياب السلطة وانهيار مفهوم الدولة والبنية التحتية وبروز الأقطاب السياسية المتناحرة والميليشيات وما شهدت السنوات العُجاف تلك من تفجير الإئمة عليهم السلام وغيرها من دور العبادة لشتى الطوائف والأديان وسُجِلَ النصيب الأكبر في تلك التفجيرات والقتل على الهوية الشيعية بأجندات إقليمية تهدف الى تمزيق وتفتيت النسيج الاجتماعي العراقي ، وكان سماحته رغم هتك تلك الحرمات مازال عنصر أمان واستقرار ومحبة لجمع كلمة العراقيين ، وفي المواقف الحرجة من خلال تدخله الواعي والعقلاني في تهدئة التشنجات والتعاطي مع الأحداث الساخنة لتلك المرحلة كذلك مع الملفات الحساسة والمفصلية في تاريخ العراق الحديث كالدستور العراقي والانتخابات _ والتي وصفها البعض كالأخضر الإبراهيمي (بأن نجاح هذه الانتخابات هي بمثابة تتويجاً مشرفا لترسيخ مبدأ اللاعنف والتي أصبح السيد السيستاني رمزاً لها ) _ وموقفه من الكتل السياسية والأداء الحكومي على فترات زمنية متعددة .