جاء في کتاب الإمام أبو جعفر الباقر عليه السلام سيرة وتاريخ للشيخ علي موسى الكعبي: عن نبوغه العلمي: قال طاوس: (فلم سُمّي آدم آدم؟ قال الإمام عليه السلام: لأنّه رفعت طينته من أديم الأرض السفلى. قال: ولِمَ سُمّيت حواء حواء؟ قال: لأنّها خُلقت من ضلع حي، يعني ضلع آدم. قال: فلِم سُمّي إبليس إبليس؟ قال: لأنّه أبلس من رحمة اللّه عزّوجلّ فلا يرجوها. قال: فلِم سُمّي الجنّ جِنّاً؟ قال: لأنّهم استجنوا فلم يروا. قال: فأخبرني عن قوم شهدوا شهادة الحقّ وكانوا كاذبين؟ قال: المنافقون حين قالوا لرسول اللّه صلى الله عليه وآله وسلم: نشهد أنّك لرسول اللّه. فأنزل اللّه عزّوجلّ: "إِذَا جَاءَكَ الْمُنَافِقُونَ قَالُوا نَشْهَدُ إِنَّكَ لَرَسُولُ اللَّهِ وَاللَّهُ يَعْلَمُ إِنَّكَ لَرَسُولُهُ وَاللَّهُ يَشْهَدُ إِنَّ الْمُنَافِقِينَ لَكَاذِبُونَ" (المنافقون 1). قال: فأخبرني عن رسول بعثه اللّه تعالى ليس من الجن، ولا من الإنس، ولا من الملائكة، ذكره اللّه تعالى في كتابه؟ قال: الغراب، حين بعثه اللّه عزّوجلّ ليُري قابيل كيف يواري سوأة أخيه هابيل حين قتله، قال اللّه عزّوجلّ: "(فَبَعَثَ اللَّهُ غُرَابًا يَبْحَثُ فِي الاْءَرْضِ لِيُرِيَهُ كَيْفَ يُوَارِي سَوْأَةَ أَخِيهِ" (المائدة 31). قال: فأخبرني عمّن أنذر قومه ليس من الجن، ولا من الإنس، ولا من الملائكة، ذكره اللّه عزّوجلّ في كتابه؟ قال: النملة حين قالت: "يَا أَيُّهَا النَّمْلُ ادْخُلُوا مَسَاكِنَكُمْ لاَ يَحْطِمَنَّكُمْ سُلَيَْمانُ وَجُنُودُهُ وَهُمْ لاَ يَشْعُرُونَ" (النمل 18). قال: فأخبرني عن شيء قليله حلال وكثيره حرام، ذكره اللّه عزّوجلّ في كتابه؟ قال: نهر طالوت، قال اللّه عزّوجلّ: "إِلاَّ مَنِ اغْتَرَفَ غُرْفَةً بِيَدِهِ" (البقرة 249). قال: فأخبرني عن صلاة فريضة تُصلّى بغير وضوء، وعن صوم لا يحجز عن أكل ولا شرب، قال: أما الصلاة بغير وضوء فالصلاة على النبي وآله عليه و:، وأما الصوم فقول اللّه عزّوجلّ: "إِنِّي نَذَرْتُ لِلرَّحْمَنِ صَوْمًا فَلَنْ أُكَلِّمَ الْيَوْمَ إِنْسِيّاً" (مريم 26). قال: فأخبرني عن شيء يزيد وينقص، وعن شيء يزيد ولا ينقص، وعن شيء ينقص ولا يزيد؟ فقال الباقر عليه السلام: أما الشيء الذي يزيد وينقص فهو القمر، والشيء الذي يزيد ولا ينقص هو البحر، والشيء الذي ينقص ولا يزيد هو العمر).

عن ما ورد عن أعلم أهل زمانه يقول الشيخ الكعبي في كتابه: وعن أبي حمزة الثمالي: أن قتادة حين التقى الإمام الباقر عليه السلام في مسجد جدّه رسول اللّه، قال له الإمام عليه السلام: (من أنت؟ قال: أنا قتادة بن دعامة البصري. قال: أنت فقيه أهل البصرة؟ قال: نعم. فقال أبو جعفر عليه السلام: إنّ اللّه جلّ وعزّ خلق خلقاً من خلقه، فجعلهم حججاً على خلقه، فهم أوتاد في أرضه، قوام بأمره، نجباء في علمه، اصطفاهم قبل خلقه أظلّة عن يمين عرشه. فسكت قتادة طويلاً، ثم قال: أصلحك اللّه، واللّه لقد جلست بين يدي الفقهاء وقدام ابن عباس، فما اضطرب قلبي قدام واحد منهم ما اضطرب قدامك. فقال له أبو جعفر عليه السلام: ويحك أتدري أين أنت؟ أنت بين يدي "بُيُوتٍ أَذِنَ اللَّهُ أَنْ تُرْفَعَ وَيُذْكَرَ فِيهَا اسْمُهُ يُسَبِّحُ لَهُ فِيهَا بِالْغُدُوِّ وَالآصَالِ * رِجَالٌ لاَ تُلْهِيهِمْ تِجَارَةٌ وَلاَ بَيْعٌ عَنْ ذِكْرِ اللَّهِ وَإِقَامِ الصَّلاة وَإِيتَاءِ الزَّكَوةِ" (النور 36-37) فأنت ثمَّ، ونحن أولئك، فقال له قتادة: صدقت واللّه، جعلني اللّه فداك، واللّه ما هي بيوت حجارة ولا طين). وأقرّ رجال العلم والفكر الذين أدركوه ومن تبعهم بأنّه بقر العلوم بقراً، وأصاب قلب الحكمة وعرف حقيقتها، واتّفقت كلمتهم على أنّه أسمى شخصية علمية عرفها العالم الإسلامي في عصره. روي عن معاوية بن عمار الدهني، عن محمد بن علي الباقر عليه السلام في قول اللّه عزّوجلّ: "فَاسْأَلُوا أَهْلَ الذِّكْرِ إِنْ كُنْتُمْ لاَ تَعْلَمُونَ" (النحل 43)، قال: (نحن أهل الذكر). قال أبو زرعة: صدق محمد بن علي، ولعمري ان أبا جعفر لمن أكبر لعلماء. وقال الأبرش بن الوليد الكلبي بعد أن ناظر الإمام الباقر عليه السلام: (إنّ هذا أعلم أهل الأرض بما في السماء والأرض، فهذا ولد رسول اللّه صلى الله عليه وآله وسلم). وقال نافع مولى عبد اللّه بن عمر بعد أن ناظره عليه السلام: (أنت واللّه أعلم الناس حقّاً). وقال عالم النصارى بعد أن ناظره الإمام الباقر عليه السلام في بلاد الشام: (يا معشر النصارى، ما رأيت أحداً قط أعلم من هذا الرجل). وقال كمال الدين محمد بن طلحة الشافعي، المتوفّى سنة 653 هـ: (هو باقر العلم وجامعه، وشاهر علمه ورافعه، ومتفوّق درّه وراضعه، ومنمّق دره وواضعه، صفا قلبه، وزكا عمله، وطهرت نفسه، وشرفت أخلاقه، وعمرت بطاعة اللّه أوقاته، ورسخت في مقام التقوى قدمه، وظهرت عليه سمات الازدلاف، وطهارة الاجتباء، فالمناقب تسبق إليه والصفات تشرف به). وقال ابن خلّكان، المتوفّى سنة 681 هـ: (كان الباقر عالماً، سيّداً كبيراً، وإنّما قيل له الباقر، لأنّه تبقّر في العلم، أي توسّع). وقال ابن حجر الهيتمي المكّي، المتوفّى سنة 974 هـ: (أبو جعفر محمد الباقر، سُمّي بذلك من بقر الأرض، أي شقّها وأثار مُخَبّآتها ومكامنها، فلذلك هو أظهر من مُخَبّآت كنوز المعارف، وحقائق الأحكام والحكم واللطائف، ما لا يخفى إلاّ على منطمس البصيرة، أو فاسد الطوية والسريرة).

جاء في کتاب الإمام أبو جعفر الباقر عليه السلام سيرة وتاريخ للشيخ علي موسى الكعبي: روي عن جعفر بن محمد الصادق عليه السلام قال: (جاء رجل من الشام، وسأل أبا جعفر عليه السلامعن بدو خلق البيت؟ فقال عليه السلام: إنّ اللّه تعالى لما قال للملائكة: "إِنِّي جَاعِلٌ فِي الاْءَرْضِ خَلِيفَةً" (البقرة 29) فردّوا عليه بقولهم: "أَتَجْعَلُ فِيهَا" (البقرة 29) إلى قوله: "وَمَا كُنْتُمْ تَكْتُمُونَ" (البقرة 29) فعلموا أنّهم وقعوا في الخطيئة، فعاذوا بالعرش، فطافوا حوله سبعة أشواط، يسترضون ربّهم عزّوجلّ، فرضي عنهم، وقال لهم: اهبطوا إلى الأرض، فابنوا لي بيتاً يعوذ به من أذنب من عبادي، ويطوف حوله كما طفتم حول عرشي، فأرضى عنهم كما رضيت عنكم. فبنوا هذا البيت. فقال له الرجل: صدقت يا أبا جعفر، فما بدو هذا الحجر؟ قال: إنّ اللّه تعالى لما أخذ ميثاق بني آدم، أجرى نهراً أحلى من العسل وألين من الزبد، ثم أمر القلم فاستمدّ من ذلك النهر، وكتب إقرارهم وما هو كائن إلى يوم القيامة، ثم ألقم ذلك الكتاب هذا الحجر، فهذا الاستلام الذي ترى، إنّما هو بيعة على إقرارهم، وكان أبي إذا استلم الركن قال: اللّهمّ أمانتي أدّيتها، وميثاقي تعاهدته، ليشهد لي عندك بالوفاء. فقال الرجل: صدقت يا أبا جعفر، ثم قام، فلما ولّى قال الباقر لابنه الصادق عليهما السلام: اردده علي، فتبعه إلى الصفا فلم يره، فقال الباقر عليه السلام: أراه الخضر).

وعن زهده عليه السلام يقول الشيخ علي موسى الكعبي: رواية الحكم بن عتيبة، قال: (دخلت على أبي جعفر عليه السلام وهو في بيت منجد، وعليه قميص رطب وملحفة مصبوغة، قد أثر الصبغ على عاتقه، فجعلت أنظر إلى البيت وأنظر إلى هيئته، فقال: يا حكم، ما تقول في هذا؟ فقلت: وما عسيت أن أقول وأنا أراه عليك؟ وأما عندنا فانما يفعله الشاب المُرِهْقُ، فقال لي: يا حكم "مَنْ حَرَّمَ زِينَةَ اللَّهِ الَّتِي أَخْرَجَ لِعِبَادِهِ وَالطَّيِّبَاتِ مِنَ الرِّزْقِ" (الاعراف 32) وهذا مما أخرج اللّه لعباده، فأما هذا البيت الذي ترى فهو بيت المرأة، وأنا قريب العهد بالعرس، وبيتي البيت الذي تعرف). وعن الحسن الزيات، قال: (دخلت على أبي جعفر عليه السلام في بيت منجد، ثم عدت إليه من الغد وهو في بيت ليس فيه إلاّ حصير، وعليه قميص غليظ، فقال: البيت الذي رأيته ليس بيتي، انما هو بيت المرأة، وكان أمس يومها).