قال الله سبحانه وتعالى عن الشجرة "وَأَنبَتْنَا عَلَيْهِ شَجَرَةً مِّن يَقْطِينٍ" ﴿الصافات 146﴾، و "أَلَمْ تَرَ كَيْفَ ضَرَبَ اللَّهُ مَثَلًا كَلِمَةً طَيِّبَةً كَشَجَرَةٍ طَيِّبَةٍ" (إبراهيم 24)، و "أَذَلِكَ خَيْرٌ نُزُلًا أَمْ شَجَرَةُ الزَّقُّومِ" (الصافات 62)، و "يُوقَدُ مِنْ شَجَرَةٍ مُبَارَكَةٍ زَيْتُونَةٍ لَا شَرْقِيَّةٍ وَلَا غَرْبِيَّةٍ" (النور 35)، و "وَقُلْنَا يَا آدَمُ اسْكُنْ أَنْتَ وَزَوْجُكَ الْجَنَّةَ وَكُلَا مِنْهَا رَغَدًا حَيْثُ شِئْتُمَا وَلَا تَقْرَبَا هَذِهِ الشَّجَرَةَ فَتَكُونَا مِنَ الظَّالِمِينَ" (البقرة 35)، و "وَشَجَرَةً تَخْرُجُ مِنْ طُورِ سَيْنَاءَ تَنْبُتُ بِالدُّهْنِ وَصِبْغٍ لِلْآكِلِينَ" (المؤمنون 20)، و "فَلَمَّا أَتَاهَا نُودِيَ مِنْ شَاطِئِ الْوَادِ الْأَيْمَنِ فِي الْبُقْعَةِ الْمُبَارَكَةِ مِنَ الشَّجَرَةِ أَنْ يَا مُوسَى إِنِّي أَنَا اللَّهُ رَبُّ الْعَالَمِينَ" (القصص 30)، و "وَلَوْ أَنَّمَا فِي الْأَرْضِ مِنْ شَجَرَةٍ أَقْلَامٌ وَالْبَحْرُ يَمُدُّهُ مِنْ بَعْدِهِ سَبْعَةُ أَبْحُرٍ مَا نَفِدَتْ كَلِمَاتُ اللَّهِ إِنَّ اللَّهَ عَزِيزٌ حَكِيمٌ" (لقمان 27).
ورد ان الشجرة التي ورد ذكرها في قوله تعالى "أَلَمْ تَرَ كَيْفَ ضَرَبَ اللَّهُ مَثَلًا كَلِمَةً طَيِّبَةً كَشَجَرَةٍ طَيِّبَةٍ أَصْلُهَا ثَابِتٌ وَفَرْعُهَا فِي السَّمَاءِ * تُؤْتِي أُكُلَهَا كُلَّ حِينٍ بِإِذْنِ رَبِّهَا وَيَضْرِبُ اللَّهُ الْأَمْثَالَ لِلنَّاسِ لَعَلَّهُمْ يَتَذَكَّرُونَ” (ابراهيم 24-25) هي النخلة. وذكرت الشجرة كذلك في سورة لقمان "وَلَوْ أَنَّمَا فِي الْأَرْضِ مِنْ شَجَرَةٍ أَقْلَامٌ وَالْبَحْرُ يَمُدُّهُ مِنْ بَعْدِهِ سَبْعَةُ أَبْحُرٍ مَا نَفِدَتْ كَلِمَاتُ اللَّهِ إِنَّ اللَّهَ عَزِيزٌ حَكِيمٌ" (لقمان 27) واقلام جمع قلم. وفي تفسير لو تحولت كل اشجار الارض الى اقلام للكتابة ما نفدت كلمات الله.
جاء في تفسير غريب القرآن لفخر الدين الطريحي النجفي: (شجر) "شجر بينهم" (النساء 64) اختلط بينهم، وقال أبو عبيدة: الشجر الأمر المختلف وتشاجر القوم: اختلفوا، وعن الأزهري "شجر بينهم" (النساء 64) إذا وقع خلاف بينهم، وعن ابن عرفة: سمي الشجر: لاختلاف بعضه في بعض وتداخله، و "الشجرة الملعونة في القرآن" (النساء 64) شجرة الزقوم ولعنت حيث لعن طاعموها من الكفار فوصفت بلعن أصحابها على المجاز، ويقال: بنو أمية "ونخوفه" (النساء 64) بمخاوف الدنيا والآخرة "فما يزيدهم إلا طغيانا" (النساء 64) و "شجرة الخلد" (طه 120) من أكل منها لا يموت و "شجرة مباركة" (النور 35) النبي صلى الله عليه وآله، و "كشجرة طيبة" (ابراهيم 24) كالنخلة والتين والرمان وكل شجرة مثمرة طيبة، وعن ابن عباس: شجرة في الجنة، وعن الباقر عليه السلام: الشجرة رسول الله صلى الله عليه وآله وفرعها علي وعنصر الشجرة فاطمة وثمرتها أولادها وأغصانها وأوراقها شيعتها، و "كشجرة خبيثة" (ابراهيم 26) كل شجر لا يطيب ثمرها كشجر الحنظل والكشوت وعن الباقر عليه السلام: بنو أمية، قال تعالى: "مثلا كلمة طيبة" (ابراهيم 24) وهي كلمة التوحيد، وقيل: كل كلمة حسنة كالتسبيحة والتحميدة والاستغفار "مثلا كلمة طيبة" (ابراهيم 24) وقال تعالى: "كلمة خبيثة" (ابراهيم 26) كالشرك أو كل كلمة قبيحة "كشجرة خبيثة" (ابراهيم 26) وقوله: "لقد رضي الله عن المؤمنين إذ يبايعونك تحت الشجرة" (الفتح 18) يقال: هي الثمرة وسميت البيعة بيعة الرضوان بهذه الآية حيث بايعوا النبي صلى الله عليه وآله بالحديبية وكان عددهم ألفا وخمسمائة أو ثلاثمائة.
وعن دعاء الندبة (وبعض كلمته من شجرة تكليما) "فَلَمَّا أَتَاهَا نُودِيَ مِنْ شَاطِئِ الْوَادِ الْأَيْمَنِ فِي الْبُقْعَةِ الْمُبَارَكَةِ مِنَ الشَّجَرَةِ أَنْ يَا مُوسَى إِنِّي أَنَا اللَّهُ رَبُّ الْعَالَمِينَ" (القصص 30). تكليم النبي من وراء حجاب كما نادى اللّه موسى من وراء الشجرة (بمعنى أنه سمع الكلام من الشجرة وما حولها) وسمع نداءه.